Инфекция - уничтожает процентов 90 населения. Метод защиты - засекание времени изучения атрефакта, и при подхождении исследовани к завершению, запускать постройку чего угодно, требующего максимального количества людей. В распределении ставите на постройку 10% (можно и 0%), и ждёте завершения исследования арта. Время увеличивается, но оно того стоит... После завершения исследования отменяете постройку и получаете всех занятых на ней людей назад. Только смотрите, чтоб хватало ресурсов на постройку после запуска исследования артефакта.
Жуки, пожирающие минералы, уничтожают полностью запасы одного из минералов. Защита - ставить все минералы в торговлю по большой цене (если кто и купит - вам же ещё и лучше, хотя настолько сумашедших думаю нет). После исследования отменяете лот.
Взрыв лаборатории - уничтожает один или несколько уровней академии наук. Защиты нет.